元朝建立者忽必烈是蒙古國成吉思汗的孫子。元朝經過三代人的浴血奮戰，滅了金、遼、西夏和南宋，統一全國，還打到中亞、東歐。論武略，蒙古國可以說戰不勝；論文治，當時蒙古國還沒有統一的文字，與文化繁榮的南宋不可比擬。

蒙古族是一個游牧民族，被稱為馬背上的民族。統一全國后，為治理這個多民族的國家，元帝忽必烈大膽地搜羅各民族的知識分子和軍閥，考評宋代典章，建立元代的行政、軍事、賦稅等制度，其中的行省制度影響深遠。歷史上設省始于元代，元初全國只設11個省，福建境內設8個路，包括南劍路，歸江浙行中書省。省與路之間設道，如福建道宣慰使司，是省的派出機構，曾兩次并入江西省。

元至元后期才建立福建行中書省。元大德六年（1302年）改南劍路為延平路，隸福建行中書省，領司一，曰錄事；改劍浦縣為南平縣。延平路領五縣：南平、將樂、尤溪、沙縣、順昌。

元代延平地方政府分路、縣二級。延平路稱總管府，總管用漢人，與總管并列的達魯花赤（長官）一員，用蒙古人。元初劍州路首任總管為趙鞏，他歷任汀、邵、建、漳、劍五路總管，元初的南劍城墻就是他歷時三年建成的。加上推官、判官、儒學教授、蒙古學教授等官員，劍州路編制20人。延平路與南劍州不同，增加了許多工作經濟部門，如織染局（紡織局）、雜造局（手管局）、惠民藥局（衛生局）。局的名稱最早出現于元代，在宋以前沒有稱局的機構。

元初蒙古還沒有完整的文字，至元八年（1271年）才頒布蒙古文，稱“八思巴字”，又稱蒙古新字。中統元年（1260年），朝廷命令八思巴制蒙古新字，因此稱其為“八思巴字”。在漢人中推廣蒙古字，顯然是很困難的，因為在延平的地方志沒有蒙古文的記載。

據《延平府志》載：“按元史至元二十年（1283年）定江淮以南三萬戶以上者為上縣，一萬戶以上為中縣，一萬戶以下為下縣。”南平為中縣，元代初期全縣人口約五萬人，比南宋時略有減少。縣以下只有3個派出機構：大歷（今屬順昌縣）巡檢，負責巡捕盜賊之事，為九品官；太平鎮茶洋驛站、王臺驛站，管理官方公文傳遞和官員往來接待等。縣里還有積善、富沙、歸善、上陽、芹哨、延平、垂裕7個鄉。鄉里都是群眾的自治組織，或宗族的自治機構。

元朝統治者是少數民族，人口不多，統一中國后，元朝的疆域很廣，朝廷不可能派大量的蒙古人到全國各地去當達魯花赤，一般只能派幾個長官。南平縣政府中有2個蒙古人，一個是與縣尹并列的長官，另一個是掌管文書、官印的錄事。元朝執行國民的等級制度，分蒙古人、色目人（寧夏人）、遼和金人（東北、華北人）為漢人，屬南宋地域的國民稱南人，受到更多的歧視。因此，元代延平的政治、經濟、文化、宗教處于衰落之中，南宋時的“理學名邦”“海濱鄒魯”的地位已不復存在，整個元代近一百年中，南平縣科舉中進士的只有張本一人。據《延平府志》載，張本是將樂人，后在五鳳山出家。若是如此，南平在元朝沒有一個人中進士的。在元朝，再也看不到延平先賢楊時、羅從彥、李侗、游酢、吳儀等書香世家的跡影，他們都隱居不仕，躲在鄉間，讀書自娛。可能因在政治上遭到歧視，或者他們不忘國恥，蔑視元朝的統治，不愿為元朝服務。如延平人吳璧，元初，推薦他去當官，他隱居不仕，朝廷下令督促赴任，他很不樂意地當了幾天校書郎，就是典書的編輯。他乘父親病故，回家守墓，后歸隱今塔前米巖金鳳山。他看破紅塵，在山上當了和尚，俗稱吳釋子。在南平的地方志中，元代的歷史記載得很少，這也許是志書編纂者的偏見。在明嘉靖《延平府志》中的元史，至明后期及清代的《南平縣志》中很多都被刪掉了。

值得一提的是，在延平歷史上循吏第一人，是蒙古人真寶達魯花赤。循吏即為清廉良善者。蒙古人住蒙古包，生活簡樸，對權財可能不會有太多的奢望。據《延平府志》載，真寶，號夷齋，蒙古人，由崇安主簿升政和達魯花赤。他嚴明律己，待人寬厚。當年省里廉政官員到松溪檢查工作后即返省城，有人說政和未查，檢查官說不要去政和了，因為有真寶在可以免檢。

不久，真寶調到南平縣任達魯花赤。政和百姓懷念他的清廉，編成《泰和善政錄》一書。真寶任職南平縣期間，南平人編民歌贊頌他：“真夷齋，早不來，田棄稼檣，家棄孩。”“天之腹，從民欲，夷齋下車悍吏逐，風雨適時歲成熟。”南平人尊之如父母，僚吏敬之如神明，后他官至監察御史。（劉光舟）